Der abschließende Teil für den Game Boy Advance wurde 2004 veröffentlicht. In Fire Emblem: Seima no Kōseki (ファイアーエムブレム 聖魔の光石, dt. etwa: „Fire Emblem: Die Juwelen des Lichts und der Dunkelheit“) findet erneut ein Wechsel des Handlungsortes statt.
Man verfolgt die Geschehnisse um Ephraim und Eirika, zwei Thronerben, deren Handlungsstränge wie schon in früheren Spielen später miteinander verschmelzen. Dreht sich die Geschichte anfangs noch um eine feindliche Invasion und einen verlorenen Prinzen, kämpft man später um den Erhalt der heiligen Steine, welche die Welt vor den Dämonenkönigen schützen.
Spielerisch wird auf Elemente früherer Spiele zurückgegriffen, so findet man seit langem wieder einmal eine frei begehbare Weltkarte, und es wird auch wieder die Wahl zwischen verschiedenen Beförderungsmöglichkeiten geboten. Zudem gibt es nun eine Grundklasse vor den ersten echten Klasse, die am besten als Lehrlingsklasse beschrieben werden kann, und eine beschleunigte Entwicklung ermöglicht.
Neue Inhalte
Beförderung Auswahl:Bislang wurde man oft gezwungen eine Klasse zu wählen,wenn man eine Klasse in die höhere Stufe befördert(z.B Vom Kavalier zum Rittmeister). In diesem Spiel haben bestimmte Klassen eine bestimmte Auswahl aus Klassen(Immer zwischen 2 Klassen)Außer Klassen die ihre klassen nicht wechseln können(Tänzerin) oder den zwei Lords.