Dans Fire Emblem Three Houses, tous les nobles sont des descendants des Dix Élites et des Quatre Saints qui ont combattu durant la Guerre des Héros. Les Emblèmes sont transmis dans les familles nobles de générations en générations néanmoins tous les nobles ne sont pas capables d'éveiller leur pouvoir.
Il existe plusieurs types de Emblèmes, les Emblèmes Majeurs qui ont un pouvoir colossal et les Emblèmes mineurs dont la puissance est plus modeste.
Épée du Créateur - Amyr - Areadbhar - Écu Égide - Lance de la destruction - Broyeur - Lúin - Infaillible - Thyrsus - Blutgang - Freikugel - Fulgurante - Gemme Rafail - Chaînes de Dromi - Vajra-Mushti
Armes Sacrées
Hache d'Ukonvasara - Caducée - Écu Ochain - Écu Seiros - Lance d'Assal - Épée de Begalta - Épée de Moralta - Épée de Seiros - Arc de Tathlum - L'Inépuisable
Chapitres
Partie I: Nuées Blanches
P: Une rencontre inévitable - C1: Les trois maisons - C2: Une impression de déjà-vu - C3: Une insurrection dans la brume - C4: La cérémonie de renaissance de la Déesse - C5: La tour des vents mauvais - C6: Échos funèbres - C7: La plaine de l'Aigle et du Lion - C8: Une flamme dans l'obscurité - C9: Les sources du chagrin - C10: Là où vit la Déesse - C11: Le trône du savoir
Partie II: Fleur Vermeille
C12: Les débuts de la lutte pour le pouvoir - C13: Après la fuite - C14: Le Génie Tactique - C15: Une tempête d'épées et de boucliers - C16: Dame tromperie - C17: La plaine de la vengeance - C18: La fin d'un rêve
Partie II: Lune d'Azur
C12: La guerre est déclarée - C13: Retrouvailles à l'aube - C14: Le prince irresponsable - C15: La vallée du Tourment - C16: La rivière rose - C17: Le sang de l'Aigle et du Lion - C18: Le triomphe du Roi - C19: La supplique du Cerf d'or - C20: La forteresse inexpugnable - C21: Chacun choisit sa voie - C22: Le serment de la dague
Partie II: Vent Émeraude
C12: La guerre est déclarée - C13: Retrouvailles à l'aube - C14: Un dirigeant plein d'ambition - C15: La vallée du Tourment - C16: La rivière rose - C17: Le sang de l'Aigle et du Lion - C18: Un plan magistral - C19: Le chaos de la guerre - C20: À la croisée des chemins - C21: La cité des ténèbres - C22: Une aube nouvelle sur Fódlan
Partie II: Neige Argentée
C12: La guerre est déclarée - C13: Retrouvailles à l'aube - C14: Un roi sans royaume - C15: La vallée du Tourment - C16: La rivière rose - C17: La forteresse inexpugnable - C18: Le chaos de la guerre - C19: À la croisée des chemins - C20: La cité des ténèbres - C21: À la poursuite des rêves
DLC: Ombres Embrasées
C1: La quatrième maison - C2: Sous la surface - C3: Le Rituel du Renouveau - C4: Péril dans les ténèbres - C5: Trahison - C6: Résurrection - C7: Meute de loups