Le Scénario de Fire Emblem : The Sacred Stones se divise en trois parties :
Une Première, regroupant le Prologue et les huit premiers chapitres. Dans cette partie, le joueur incarne Eirika dans cette partie, à l'exception du Chapitre 5x, où Ephraim remplace sa sœur.
Une Deuxième, regroupant les chapitres 9 à 14. Dans cette partie, le joueur aura le choix d'incarner l'un des deux jumeaux de Renais, Eirika ou Ephraim. Le choix de l'un entraînera l'indisponibilité de l'autre pendant cette partie.
Une Troisième, regroupant les chapitres 15 à 20 et le chapitre final. Dans cette partie, les deux jumeaux se réunissent. Le Lord choisi dans la partie précédente restera le même (et continuera d'accéder au Convoi, de prendre les trônes, etc) et l'autre sera disponible en tant que simple unité.
P: La Chute de Renais - C1: Sauve-qui-peut ! - C2: Protection - C3: Les Bandits de Borgo - C4: Horreurs du Passé - C5: L'ombre impérial - C5x: Coeur intact - C6: Victimes de guerre - C7: Les rives de Renvall - C8: C'est un piège !
Voie d'Eirika
C9Ea: Distant Blade - C10Ea: Revolt at Carcino - C11Ea: Creeping Darkness - C12Ea: Village of Silence - C13Ea: Hamill Canyon - C14Ea: Queen of White Dunes
Voie d'Ephraim
C9Em: Fort Rigwald - C10Em: Turning Traitor - C11Em: Phantom Ship - C12Em: Landing at Taizel - C13Em: Fluorspar's Oath - C14Em: Father and Son
Commun
C15: Scorched Sand - C16: Ruled by Madness - C17: River of Regrets - C18: Two Faces of Evil - C19: Last Hope - C20: Darkling Woods - F: Sacred Stones
Autres éléments
Manakete - Techniques - Pierres Sacrées - Cinq Héros - Monstres - Combat de Créatures - Magasin Secret - Bandits de Bazba - Fruit Juna