Le Scénario de Fire Emblem : The Sacred Stones se divise en trois parties :
Une Première, regroupant le Prologue et les huit premiers chapitres. Dans cette partie, le joueur incarne Eirika dans cette partie, à l'exception du Chapitre 5x, où Ephraim remplace sa sœur.
Une Deuxième, regroupant les chapitres 9 à 14. Dans cette partie, le joueur aura le choix d'incarner l'un des deux jumeaux de Renais, Eirika ou Ephraim. Le choix de l'un entraînera l'indisponibilité de l'autre pendant cette partie.
Une Troisième, regroupant les chapitres 15 à 20 et le chapitre final. Dans cette partie, les deux jumeaux se réunissent. Le Lord choisi dans la partie précédente restera le même (et continuera d'accéder au Convoi, de prendre les trônes, etc) et l'autre sera disponible en tant que simple unité.